Ну так-то регулярные выражения вам в помощь.
Делаете цикл по строкам исходного файла. Кажду строку сверяете с набором выражений. Если совпадений не было, строки помещаете во временный файл, затем временный файл перемещаете на место исходного.
Более важный вопрос - зачем вам это? Пытаетесь сделать чёрный список функций для недоверенного кода? Так у меня плохая новость, существует достаточно много способов это обойти.