Храни в базе пары "ID пользователя" - "время предыдущей отправки команды", при отправке команды вытаскивать по ID отправившего прошлое время и смотреть сколько с тех пор времени прошло.
Детали зависят от инструментария, но даже на этом форуме этот самый вопрос неделю или две назад задавали.