У меня была схожая проблема. После генерации нового проекта в xml файлах были ошибки т.к. там были элементы и ссылки на R.java в то же время не clean не build не создавали R.java. Я вырезал все места с ошибками в xml файлах и сделал clean+build. В итоге файл появился.
Вообще способов убить R.java много довольно, так что пробуйте и ищите.