В слоях есть фильтры, по умолчанию стоит «Вид».
1. Выберите «Смарт-объект»
2. Фильтрация по отсутствующим связанным смарт-объектам (иконка со знаком вопроса).
Тогда покажется список смарт-объектов, исходники которых непонятно где. Если их удалить, проблема будет решена.
P.S. Моя ситуация: вставил как смарт-объекты иконки из иллюстратора, а в иллюстраторе файл не сохранил.
