1. Стили привязанные к именам элементов.
2. Малопонятные сокращения стилей.
3. Замороченная система гридов.
4. Плохая адаптивность к размеру содержимого.
5. Автогенерация избыточного CSS (в основном за счёт ```@media``` и ```@include```).
6. Тянет с собой никому не нужный сейчас jQuery.
7. Сложно кастомизировать компоненты.
8. Куча ненужного хлама.
9. Нет поддержки гибких раскладок (flexbox).
10. Нет контроля за порядком применения стилей (приходится перебивать стили повышением специфичности или important-om).
11. Через известное место, написанные скрипты (чего только стоит мина замедленного действия в виде [stopPropagation](
https://github.com/twbs/bootstrap/blob/v4-dev/js/s...
12. С каждой новой версией меняет препроцессор.
13. Недостаточно специфичные стили ([пример](
https://github.com/twbs/bootstrap/blob/v4-dev/scss...
14. По имени класса не всегда понятно кто и зачем его добавил.
15. Хаотичная специфичность стилей из-за селекторов опирающихся на каскад в разной степени.
Говоря простым языком: бутстрап - инструмент от тех, кто не умеет ни в css, ни в js, для тех, кто не умеет ни в css, ни в js, но очень хотят прилично выглядящую статическую страничку с базовой интерактивностью и без какой-либо кастомизаци, кроме изменения цветовых констант.
