Если версионироваться планируете под Windows, то однозначно Mercurial.
Он и встаёт без странностей, вроде min-gw и пачки линуксовых утилит у Git. И первое время Вам наглядный GUI (TortoiseHg) не помешает. А у Mercurial он сильно юзабельней аналогов для Git (а я много пробовал и кроме многократного разочарования ничего не испытал). И вообще, он гораздо более человечней, не такой как Git.
Единственный минус: BitBucket не так хорош как GitHub, но если Вы не open source, то Вы в плюсе.
