статья на эту тему
в общем в config.xml нужно указать
<access origin="tel:*" launch-external="yes" />
<access origin="mailto:*" launch-external="yes" />
<uses-permission android:autoLink="phone" />
Можно попробовать средствами JS, нужен
InAppBrowser плагин
window.open('tel:12345678', '_system')