Заменять скрипт в /etc/init.d из самого себя не очень правильная идея.
Да, заменить или модифицировать скрипт из самого себя можно, но, по идее, скрипты для запуска сервисов/демонов не должны модифицироваться напрямую, желательно только с новой версией пакета (если он есть).
Даже я бы так не стал делать, хотя я тот еще нетрадиционный баш-скриптер.
Если вам прям очень надо именно заменять сам скрипт по условию, то лучше это делать так:
1. Вызываем /etc/init.d/medteco.sh
2. Скрипт /etc/init.d/medteco.sh проверяет наличие скрипта на флэшке
3. Скрипт /etc/init.d/medteco.sh проверяет целостность скрипта на флэшке
4. Если скрипт существует и проверка целостности проходит, копируем на диск под другим именем, проверяем целостность еще раз. Контрольную сумму можно заранее посчитать тем же md5 и положить в файл рядом с новым скриптом.
5. Если шаг 4 успешен, удаляем/переименовываем старый скрипт (тот, который не /etc/init.d/medteco.sh, а старая версия скрипта с флэшки), переименовываем новый скрипт в старый.
6. Безусловно выполняем/source'им тот самый скрипт, передавая ему параметры при необходимости. В этом случае у вас будет вызвана либо старая рабочая версия, либо новая рабочая версия.
Скрипт /etc/init.d/medteco.sh затронут не будет (и не должен), он будет нужен для обработки ошибок и т.д., чтобы контролировать процесс независимо от его результата. Если прямо очень надо, чтобы старая версия не запускалась, бросаем ошибку и прерываем выполнение скрипта.
Альтернативный вариант: собираем пакет, который будет устанавливаться в систему, устанавливаем его прямо с флэшки. Пакетный менеджер прервет установку, если пакет поврежден и не должен заменить рабочую версию в теории.
