Я использую NaveMesh plus для 2д игры. Когда запусткаеться сцена агенты старанно себя видут, они меняют rotation X на -90°, это именно компонент NaveMeshAgent это меняет.
Вам надо поменять ориентацию модели (извините, я работаю с 3D, так что детали могут отличаться). В 3D координаты Unity это +X вперед, +Y вверх. Агент всегда двигается по X вперед, соответственно, ваши объекты изначально смотрят не в ту сторону
