Поставь себе на сервер VestaCP. Там уже все реализовано и даже по фен-шуй...
Пользователи раздельно, базы раздельно. При желании можно и несколько сайтов одному пользователю добавить, но не стоит.
WStanley , Если хочешь "мосчь новой БД." - тогда тебе в докер.
Создавай проекты Стеками (несколько контейнеров логически объединенных), используй Траефик [
https://containo.us/traefik/], для маршрутизации трафика. Тогда все будет просто и логично :)
