Из вашего вопроса не совсем ясна структура таблиц.
Вообще для таблиц связей можно делать составные ключи, по двум и более полям.
Например, есть таблица, category, product и таблица связей product_category с полями category_id, product_id, тогда ключ будет выглядеть следующим образом - PRIMARY KEY(category_id, product_id).
