Хорошей практикой будет разбивка кода покомпонентно.
Это даст вам более четкое понимание структуры проекта и позволит в случае необходимости переиспользовать эти компоненты в будущем.
Примерная структура может быть такой:
./
index.html
src/
/scss
_header.scss
_slider.scss
...
/js
/header.js
/slider.js
...
После этого собираете эти модули любимым сборщиком и радуетесь структуре)
