Скорее нет, чем да.
Javascript должен включаться в работу только при скролле. Отступ должен быть рассчитан либо ранее, либо вообще хеадер должен находиться в статическом позиционировании до работы скрипта. Иначе если скрипты у посетителя выключены, буду неустранимые портаки в отображении сайта. Причем на всех страницах.
