Как браузер отличает клик пользователя от имитации клика?

$('.button').trigger('click'); // и аналоги
Это не имитация клика, браузер/js не умеет в имитацию кликов никакую.

Нормальный вариант вызывать то что должен вызывать клик т.е. конечную функцию.
Либо использовать не обычный браузер, а сделанный для имитации.