Зря вы так фреймворки не любите. Представьте вам придется контролировать заголовки, маршрутизацию и кроме этих прелестей смешивать html и программный код. Как только вы дойдете до пункта 2 вам станет не по себе, а сопровождать ваш код сможете только вы. Вы даже не сможете пустить в проект верстальщика(если он не владеет Python). Нет вы конечно можете к вашему проекту написать маршрутизатор, привинтить Jinja и SQLAlchemy что в итоге приведет к созданию фреймворка, но судя по вашему вопросу создавать свой фреймворк в ваши планы не входит.

Вообще то, что лучше Django или Flask это вопрос религии :). Лично мне больше нравится Flask. Многим не нравится что он по умолчанию не модульный, ну так никто не мешает сделать его модульным либо в ручную либо с помощью blueprint. Для ORM можно использовать SQLAlchemy. Для шаблонизатора Jinja2. Для всего остального у этого фреймворка есть куча extentions. Да некоторых компонентов нет в коробке и их надо отдельно ставить, но лично я не вижу никаких проблем в том чтобы набрать pip install <имя_модуля>. К тому же есть большой плюс в том что многие компоненты разрабатываются независимыми командами, это означает что если в компоненте баг то его скорее всего починят быстро, а в фреймворках где все батарейки внутри придется ждать выпуска новой версии.

Как уже сказали выше API можно написать на любом фреймворке главное чтобы он соответствовал методологии REST(по хорошему). Как вариант можете взглянуть вот на этот пост blog.miguelgrinberg.com/post/designing-a-restful-a... здесь показано как строить api на примере flask. В посте плохо освещено использование flask.ext.restful советую на него взглянуть если решите делать с помощью flask.
Да и вот еще одно замечание - restapi подразумевает работу через http сервер поэтому вот так [root@api ~]# /usr/local/api/bin/api.py func=create user=test из консоли работать не будет. Должно быть что то типа
[root@api ~]# curl -i api.host/?func=create&user=test