Тоже были странности с зарядкой этого телефона. В самый первый раз - абсолютно новый телефон, новый кабель - вставил лайтнинг, несколько (5-7) секунд не было никакой реакции. Теперь вроде нормально.
UPD. Проблема иногда повторяется. При втыкании лайтнинга зарядка не идет, помогает вынуть блок из розетки и вставить обратно. То есть, как бы "перезагрузить" микросхему лайтнинга. Вывод: в новых айфонах Эппл умудрилась даже зарядку сделать глючной.