Почему скрипт работает некорректно в Unity?

да тут все IF повязаны.. если срабатывает первый, то прямо в этот же такт срабатывают остальные два:)

Как убрать проблему при перемещении объекта из одной точки в другую, если в процессе перемещения изменяется размер объекта?

KseroXe, и как? Нам вообще-то интересно)

Почему при прокидывании ScriptableObject через Inspector выдает null?

AliminVerckon, или со сцены, или из префаба, или создавать поэтапно (сперва new GameObject() a затем к нему AddComponent().
Или отказаться от наследования MonoBehaviour

Как решить проблему с поиском ближайших врагов?

например враг при создании сам добавляет себя в общий список, и удаляется оттуда.

class Enemy : MonoBehaviour {
  public static List<Enemy> allEnemies = new List<Enemy>();
  public void Start() {
    allEnemies.Add(this);
  }
  public void OnDestroy() {
    allEnemies.Remove(this);
  }
}

а другие пусть используют этот список, зная что он всегда полный
Enemy.allEnemies