Philipp

Была когда-то попытка написать свою CMS. Молодой был, зеленый. Дало много опыта и понимания, что и как работает.
1. Написание происходило без особо влияния чужих систем и идеи брались из головы.
2. Файлы выкладывались на сервер, далее прописывался коннект к базе и потом запускался скрипт, который создавал структуры данных.
3. Использовался TinyMCE.
4. Не было особой специализации, но были написаны модули каталога, новостей, видеообработки.
5. Да, было ядро и отдельные модули. Но все было жестко связано, не было динамического связывания. Сейчас бы сделал все иначе.
6. В качестве шаблонизатора использовался Smarty.
Репы пока нет, из работающих сайтов можете посмотреть на progimp.ru - там было достаточно большое коммьюнити в свое время.

Поскольку я сталкивался с подобными задачами, сразу скажу, что нужно писать систему готовую к горизонтальному масштабированию.
Сразу выкиньте из головы готовые CMS и прочую шелуху, когда вы засунуте в базу под лям объектов, вы начнете топить печь деньгами, чтобы обеспечить должный уровень отклика.
Базу следует брать SQL, начинать с mysql и изначальной настройкой мультимастер шардинга+репликации+failover. Здесь очень долго посидеть над анализом документации, поиска по параметрам и т.д. На первичном этапе это не требуется, но потом часто выливается в гемор.
На бэкэнд следует брать Go (Gorm для работы с базой). Он легко деплоится и просто масштабируется c помощью примитивной балансировки.
Строительную документацию и картинки сразу хранить в S3-подобном хранилище.
На фронтэнд берите последний AngularJS. Можете поиграться с Vue, но потом вам все равно прийдется это переписывать.

Для такой работы вам потребуются следующие специалисты: дизайнер (фринлансер), devops-чел (проверенный, на удаленке), 2 программиста (frontend + backend) на полный рабочий день (они тоже могут работать удаленно) и руководитель проекта (технический директор).

Не экономьте на специалистах, иначе получится неюзабельное говно.

Не думайте о такой системе, как о сайте. Вам нужно веб-приложение.

Часть первая, добрая

1. Идете к юристу и оформляете правильную лицензию, в которой вы предоставляете право на использование вашего продукта. Жестко запретите модификацию кода CMS всеми, кроме вас. Оставьте за собой право модификации кода удаленно, в любое время без предварительных уведомлений. Оставьте за собой право отзыва или изменения лицензий без уведомлений и объяснений. Запретите перепродажу. В лицензии добавьте оговорку насчет статьи 273, что действия по модификации кода сайта являются санкционированными и неотъемлемой частью продукта.
2. Реализуете и обкатываете механизм автоматического лицензирования через интернет. Вешаете лицензионное соглашение на официальный сайт продукта.
3. Рассылаете всем нелицензионным пользователям "письмо счастья", в котором доходчиво объясняете, что их копия не лицензирована и т.д. Рекомендую вам разрешить использование своей CMS для некоммерческих организаций и домашних страничек без рекламы при наличии ссылки на сайт продукта. Предложите бесплатное обновление для некоммерческих пользователей.

Часть вторая, злая

1. После введения новой лицензии, но до уведомления всех письмами счастья, удаленно зашиваете код, который будет выводить html-комментарий о том, что данная копия не имеет лицензии т.д. и т.п. Там же должна быть ссылка на ваш сайт, где можно лицензировать продукт. Данный шаг не будет препятствовать работе с сайтом.
2. Рассылаете письма счастья.
3. Ждете, пока пройдет срок, в течение которого компании должны лицензировать свои версии.
4. Вместе с юристом выбираете компанию, на которую вы подадите в суд за нелицензионное использование своей CMS и у которой точно выиграете дело. Судитесь. Выигрываете. Далее на сайте проекта вешаете официальную информацию о судебном разбирательстве и решении в пользу истца. Делаете огласку истории, публикуете ее на всяких Спарках/Хабрах/Цукербергах и прочих ресурсах.
5. Через месяцок рассылаете новые письма счастья с уведомлением о том, что бывает с теми, кто отказался. Ссылку на результаты разбирательства приводите.
Плюс, можете вывесить список сайтов у себя, где нелегально используется ваша CMS.

Работайте и разговаривайте исключительно с компаниями, которые непосредственно зарабатывают деньги через вашу CMS и для которых сайт действительно важен. На школьников, геймеров и мусор не тратье время. Шкурка выделки не стоит.

Часть третья, плохая

Для всяких нехороших людей, ничего из себя не представляющих и пишущих маты вам в ответ, включайте 404-ю для поисковых роботов. Они очень громко будут вас ругать на форумах. Не обращайте внимания.

Да здесь все элементарно, Ватсон! Загляните в $_SERVER и увидите имя сайта в значении под индексом HTTP_HOST.
Ну а дальше дело техники. Проектируете свою систему с учетом наличия сущности домен, естественно внутри системы храните список привязанных доменов и, если домен вне этого списка делаете редирект на дефолтный или показываете страницу "Domain not found".
Под каждый отдельный домен делается отдельное дерево в хранилище файлов и шаблоны.
В плане дерева страниц верхним уровнем будет список доменов.
С пользователями ситуация немного интереснее, т.к. они могут быть идентифицированы по-разному.
Обычно делают составной ключ между доменом и почтой.