Данные о зарплате заводятся в проект наверное не только для того, чтобы там храниться, но и как-то участвуют в вычислениях.
Поэтому если у Вас трехзвенка, то защититься от админа сервера приложений невозможно - данные должны быть там в дешифрованном виде.
Если же есть возможность работу над этими "высокосекретными" данными всю производить по двухзвенной схеме - в клиентском браузере, то тогда - да, шифрование с должными предосторожностями (с рандомизацией и защитой от replay attack) Вас в принципе спасет. Хотя задача всё равно будет нетривиальной.
P.S. Кстати, Вы уверены, что ставку нельзя будет "вычислить обратно", зная сумму оплаты за этап и его трудозатраты в часах ?