Меню с Битрикс24 состоит из 3 частей:
1. То что находится в самом файле меню (в зависимости от версии это либо .top.menu.php либо .superleft.menu.php)
2. То что подключается расширением ( .<тип меню>.menu_ext.php, например .top.menu_ext.php)
3. То что лично пользователь или админ глобально добавил себе/всем - для этого нужно найти его пресет в таблице b_option (модуль intanet, название: left_menu_sorted_items_s1 вместо s1 может быть другой ID сайта) и далее найти там цифры, которые могут быть в другом option (модуль тот же, название left_menu_self_items_s1) и уже удалить нужно и от self_items и от sorted_items
