Proxifier в помощь
в проксификаторе можно настроить индивидуальный прокси для уникального имени запускаемого процесса
т.е. для каждого экземпляра программы потребуется уникальное имя запускаемого процесса - (переименуй запускаемый процесс proga.exe -> proga1.exe -> proga2.exe ... progaN.exe)