В R можно скрамливать данные из MySQL, csv, xls, json, txt. И там довольно быстро (ну, конечно, в зависимости от объема данных) можно сделать дендрограмму для иерархической кластеризации с расчетом расстояний по умолчанию евклидовым методом (или по желанию другим). Вроде бы дендрограммы разукрашиваются даже. Графики из R экспортятся, правда, не особо шикарно (ограниченное число форматов). Впрочем, можно и другой инструмент найти. Но иерархическая кластеризация как раз позволит отобразить связи разных уровней и независимо от количества человек. Если, например, 3 человека наиболее часто работают друг с другом - они будут на одном уровне.