Дело в том что он (префикс) должен добавляться, это как бы правило движка. Если вы используете вручную созданные таблицы без префикса это не значит что мажента должна знать об этом, вы задали ей название сущности, она получает его и добавляет префикс, все разумно. И переопределять
данный метод я считаю неправильно.
Попробуйте так, но я не уверен за данный способ.
<entities>
<user>
<table>oem_user</table>
<prefix></prefix>
</user>
</entities>
