yttrium

асинхронно

checkID: function(id, callback) {
        this.db.transaction(function (tx) {
            tx.executeSql("SELECT * FROM black WHERE id = ?", [id], function(tx,result){
                    var answer;
                    if (result.rows.length > 0) {
                        //document.querySelector('#status').innerHTML += '<p>' + result.rows.item(0).link; + '</p>';
                        answer = {"id": result.rows.item(0).id, "link":result.rows.item(0).link};
                    } else {
                        //document.querySelector('#status').innerHTML += '<p>Не найдено</p>';
                        answer = {"clean": true};
                    }
                    callback(null, answer);
                },
                function (tx, err) {
                    callback(err, answer);
                }
            );
        });
    },

использовать так

obj.checkID(id, function(error, answer){
    if (!error)
        console.log(answer);
});

UPDATE
Как правильно заметил @lexxpavlov локальные переменные должны быть объявлены локально с помощью var.
Ещё важно то, что бы callback сработал и в случае ошибки, и вернул соответствующее значение

$text = "The Wall Experience Edition (2011 - Remaster)\nMellon Collie and the Infinite Sadness (2012 - Remaster) [Explicit]\n";
$text =~ s/[\[\(].*?[\]\)]//g;
print $text;

CSS3 умеет так делать
Для вашего случая примерно так

#mydiv {
    -webkit-animation: myAnimate 5s; /* Chrome, Safari, Opera */
    animation: myAnimate 5s;
}

/* Chrome, Safari, Opera */
@-webkit-keyframes myAnimate {
    from {
      background: -webkit-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Safari 5.1 to 6.0 */
      background: -o-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Opera 11.1 to 12.0 */
      background: -moz-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Firefox 3.6 to 15 */
      background: linear-gradient(180deg, red, blue); /* Standard syntax */
    }
    to {
      background: -webkit-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Safari 5.1 to 6.0 */
      background: -o-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Opera 11.1 to 12.0 */
      background: -moz-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Firefox 3.6 to 15 */
      background: linear-gradient(0deg, blue, red); /* Standard syntax */
    }
}

/* Standard syntax */
@keyframes myAnimate {
    from {
      background: -webkit-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Safari 5.1 to 6.0 */
      background: -o-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Opera 11.1 to 12.0 */
      background: -moz-linear-gradient(180deg, red, blue); /* For Firefox 3.6 to 15 */
      background: linear-gradient(180deg, red, blue); /* Standard syntax */
    }
    to {
      background: -webkit-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Safari 5.1 to 6.0 */
      background: -o-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Opera 11.1 to 12.0 */
      background: -moz-linear-gradient(0deg, blue, red); /* For Firefox 3.6 to 15 */
      background: linear-gradient(0deg, blue, red); /* Standard syntax */
    }
}

Вернее вместо #mydiv задать свой класс, например, myAnimationGradient. и в необходимый момент производить $myTargetElement.toggleClass('myAnimationGradient')

В развертывании наверное самое легкое будет ChromeOfflineApp
Хотя есть пример GUI'вого приложения на Node.js с кодом на гитхабе Tilemill от Mapbox'a

И чуть не забыл о более перспективном кроссплатформенном варианте - QML

похожее видел на greenline.a101.ru/plans
это реализовано без flash, современный html5,css3 и конечно же javascript позволяет делать многое.. я бы не советовал использовать flash, с ним есть проблемы при отображении сайта на различных планшетах.
на стороне сервера можно использовать и статику и различные фреймвоки для Ruby, Python, Nodejs и т.д.