git log --stat — работает неожиданно долго, как починить?

Так обновите там git и всё :), в чём проблема-то?

git log --stat — работает неожиданно долго, как починить?

Уверены, что версия гита при этом такая же на других машинах :)?

git log --stat — работает неожиданно долго, как починить?

а без --stat работает...?

git log --stat — работает неожиданно долго, как починить?

GIT_TRACE=1?

PHP и быстрая база данных в файлах

Ну, на самом деле, развивается, просто не очень быстро :). Ну а что ограничена в функционале — это правда, но что Вы хотите от базы данных на PHP, да ещё и которой занимается 1 человек ради интереса :)?