youROCK

Может быть, с помощью runkit это и можно сделать… Стандартными средствами, вроде как, нельзя.

git fsck? Странно, что он у вас не читает файлы, а просто CPU 100%. Не может быть, что просто репозиторий битый? Ну и ваша версия гита совсем не последняя, может быть в более новых версиях они что-нибудь починили.

strace?