Строчка
wp_enqueue_style( 'domesticduck', get_template_directory_uri() . '/css/style.css', array('main') );
ищет файл по пути /wp-content/themes/[theme-name]/css/style.css, а не в корне сайта
P.S. В head не нужно вручную прописывать линки до стилей, которые импортируются в functions
