Всем наплевать на вашу активность на гитхабе.
С одной стороны не хочу удалять, чтобы бы было видно что "давно" занимаюсь.
Кому видно?
С другой, они корявые и такое выставлять на показ тоже не особо хочется
Не бойтесь, смотреть никто не будет.
Они проект кусками закидывают по ходу работы или как это происходит?
Разумеется. если это не проект на пару часов, то минимум раз в день (вечером) сохранять написанный код надо во избежание утери данных.
Стоит закидывать проект кусками чтобы была высокая активность или в целом стоит на нее забить?
Да как хотите. Вы для кого это всё затеяли вообще? Перед кем надо выделиться?