В чем может быть причина?
В однопоточной архитектуре кода php-скрипта. Ищите там: что именно мешает параллельной обработке: отсутствие в коде создания дочернего потока, количество конкурирующих потоков в настройках, блокировка файлов, режимы монопольного доступа и т.д.