Использую свою разработку (фреймворк, делал сам на чистом PHP + полностью свой .htaccess для защиты от большей части "кривых" запросов), собственный ORM и FORM-builder; использую Far для редактирования, использую ionCube для "защиты" (ну тут всё понятно, хотя бы как-то...) своих приложений.
Если интересуют подробности - в личку.