CleverStyle CMS для разработки, как следствие многие вещи делаются очень просто, к примеру, отсутствует процесс сборки проекта, так как эти занимается сам движок.
PhpStorm с настроенными File Watchers - пишу SCSS, CoffeeScript, HAML, сразу получаю CSS, JS, HTML, очень удобно.
Git для контроля версий и деплоя (по git push production делается hard reset на сервере).
Продакшн в последнее время под Docker, сделал специальный набор контейнеров для этого дела, которые линкуются и работают вместе:
docker-webserver
Разработка под Linux, для бекенда намного удобнее чем Windows, и даже Mac OS X, так как меньше танцев с тем же Docker, ну и окружение аналогичное продакшену.
Очень полезно подключить SensioLabInsights и Scrutinizer для статического анализа в добавок к тому, что есть в IDE, много чего находит и подсказывает, Travis CI для запуска тестов на каждый коммит.