У меня не определенное количество языков, может быть и 2 и 5Как раз именно для этого я и посоветовал: делайте столько колонок, сколько необходимо сделать языков, а числовые значения - будут для всех одни и те же.
!^/folder/file.php
Иерархия - неполносвязный граф: т.е. может менять направление в зависимости от выбранных значений и результатов и зацикливаться при необходимости на несколько циклов.
1. Вопрос и несколько ответов: список вопросов - отдельно, список ответов - отдельно. Связываем их через таблицу "многие-ко-многим", чтобы иметь возможность задавать подобные вопросы и перемешать ответы. В этой же таблице (в связке) задаём верное состояние: ответ должен быть выбран или нет, если он связан с этим вопросом (всего 3 поля: id-вопроса, id-ответа, is_checked).
Задаём подобные через каждые 5 вопросов и мешаем ответы, добавляя их в разные вопросы. Дополнительно, можно создать типы вопросов, в которых участвуют конкретные ответы и т.д.
2. Как хранить пропуски слов: как и обычный файл переводов - с помощью знаков подстановки (для sprintf(), к примеру).
Проще всего (в плане интерактива): inline edit (если нужно вписать по-буквам или вставить верную букву) и on-hover(наведение мышки или клик с чётким! показом доп. слоя с вариантами и местом вставки), если нужно выбрать.