xmoonlight

После загрузки файлов на сервер, они пакуются в архив, шифруются

Вот тут ошибка!

Правильно, будет так:

Выбираются файлы для загрузки, заполняются поля и комментарии к загружаемым файлам. Они пакуются в архив, шифруются и, после загрузки файлов на сервер, становятся доступны для скачивания по ссылке с доступом по паролю, например.

Для шифрования (до отправки на сервер!) используйте файловый контейнер.
Например, VeraCrypt (новости релизов)

Ctrl+Shift+I в браузере и выставить значение поля в коде DOM.
PS: Но что-то у вас совсем криво там всё...

window.document.hasFocus = () => true;

Да. Запрос и ответ через AJAX ничем не отличается от обычного запроса страницы через адресную строку браузера.

1. Никакого шифрования с помощью пароля! Т.к. никакого пароля в зашифрованном виде на сервере => Только парольный хеш!
2. Никаких сторонних сервисов, включая CRM и подобные => Данные - конфиденциальные!
3. Шифруйте данные с помощью серверного ключа и с помощью встроенных средств шифрования выбранной базы данных.
4. Серверный ключ для дешифровки, обработку конф.данных и хранилище конф.данных - храните на 3-х различных серверах с взаимодействием по API (лучше, с контролем поведенческим фильтром на промежуточных узлах при запросах).
5. При передаче между различными хостингами - используйте свой протокол шифрования (помимо SSH, TLS/SSL).

https://prismjs.com/