xgyrfalconx

Я бы вам посоветовал для таких вещей использовать Pandas.
Создавайте 2 Датафрейма, и после используйте merge
Подробности всех действий можно узнать в гугле.

Отсортировать оба массива, сравнивая по column1, column2, column3
(функция сравнения сначала сравнивает строки из column1, при их равенстве - column2, и т.д.)
дальше можно будет за линейное время сделать сравнение, обходя параллельно оба массива.