Индексер не создавал индексы так как при команде на индексацию без абсолютных путей к исполняемому файлу и конфигу запускалась старая версия 2.1.5
search --config /home/a0239779/sphinx/etc/sphinx.conf 'another'
Sphinx 2.1.5-id64-release (rel21-r4508)