Задать вопрос
wolverine777

wolverine777

Комментарии

  • Как загнать в переменную две колонки чисел?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Спасибо, но я пытаюсь понять можно ли вообще эти колонки загнать в итерацию в таком виде.

    В конечном итоге мне нужна сумма чисел из каждой колонки, т.е. это будет 3 7 11.

    с пандами это легко но надо итерацией как-то... Но до итерации еще рано, понять бы хоть как эти столбики, после того как из скопируешь - вставить в код?
    Написано

  • Как загнать в переменную две колонки чисел?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    нет, это с codeabbey вопрос номер 3 )))

    я не пойму что они хотят. эта задача легко решается припомощи панд, а надо итерацией..

    Там вообще-то такие данные:

    624740 472564
    302351 352046
    140377 467924
    543374 702809
    32247 639373
    471765 936039
    858222 888486
    572519 290559
    272907 485905
    264087 638421
    611105 673663
    84899 176786
    Написано

  • Почему не получается замена итерацией?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    А ну да, вы правы... устал
    Написано

  • Почему не получается замена итерацией?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    А ну да, чот я торможу. Спасибо
    Написано

  • Почему не получается замена итерацией?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Александр, в смысле? если не сетоза и не версиколор - значит (все остальное а именно виргиника) - тройка.

    Пардон, не понял )
    Написано

  • Как сделать loop по директориям с пробелами?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Спасибо! Не могли бы пояснить как это встроить в мой скрипт?
    Написано

  • Почему макбук не видит флэшку?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    вот, кстати еще у кого-то аналогичная проблема:

    https://discussions.apple.com/thread/8394033

    Там тоже никакого совета - лишь посылают на оф. сайт ) Наверное придется идти в официальный центр ...
    Написано

  • Почему макбук не видит флэшку?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    alternativshik, 5ebd30d3df4b7937816733.jpeg 5ebd30df5f6b9177706700.jpeg
    Написано

  • Почему макбук не видит флэшку?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Drno, есть! Просто когда жму ⌘ + R - и ничего не происходит, мак загружается как всегда :(
    Написано

  • Почему макбук не видит флэшку?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Drno, как же быть с этим сектором то? И вообще можно на 10.6.8 поставить нечто повыше?
    Написано

  • Почему макбук не видит флэшку?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Как полоумный при включении зажимаю две клавиши Command (⌘) и R - и ничего не происходит - меня загружают в обычном режиме.... Ничего не понимаю...
    Написано

  • Как сбросить sudo пароль у МакБука?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Дык.. я забыл пароль! Макбук древний 10тилетней давности...
    Написано

  • Как избавиться от бэкслэша если за ним сразу нижнее подчёркивание?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Спасибо!
    Написано

  • Как находить в таблице одинаковые ряды и сохранять их количество в отдельном столбце?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    sort table.csv | uniq -c
    Написано

  • Как запустить в процесс два файла одновременно?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Ура! Большое спасибо.

    Я, как вы могли заметить, только врубаюсь в линукс и иже с ним... Поэтому не могли бы подсказать о чем шла речь в "тут же не только цифры. Тут хеш.".
    Где об этом можно почитать и хоть потренироваться немного?

    Спасибо!
    Написано

  • Как запустить в процесс два файла одновременно?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Saboteur, Спасибо! Там наверное в конце done надо добавить, верно?

    В общем если запустить этот код получается вот что:
    To execute Trimmomatic run: java -jar $EBROOTTRIMMOMATIC/trimmomatic-0.36.jar

The following have been reloaded with a version change:
  1) java/1.8.0_192 => java/1.8.0_121

To execute Trimmomatic run: java -jar $EBROOTTRIMMOMATIC/trimmomatic-0.36.jar
    java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_10.1ND6Bs_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_10.1ND6Bs_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_10.1ND6Bs_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_10.1ND6Bs_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_10.1ND6Bs_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_10.1ND6Bs_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_11.2ND6Bs_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_11.2ND6Bs_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_11.2ND6Bs_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_11.2ND6Bs_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_11.2ND6Bs_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_11.2ND6Bs_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_1.1BD1_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_1.1BD1_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_1.1BD1_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_1.1BD1_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_1.1BD1_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_1.1BD1_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_12.1ND6As_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_12.1ND6As_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_12.1ND6As_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_12.1ND6As_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_12.1ND6As_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_12.1ND6As_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_3.3BD6A_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_3.3BD6A_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_3.3BD6A_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_3.3BD6A_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_3.3BD6A_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_3.3BD6A_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_4.2BD1_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_4.2BD1_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_4.2BD1_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_4.2BD1_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_4.2BD1_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_4.2BD1_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_5.4BD6B_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_5.4BD6B_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_5.4BD6B_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_5.4BD6B_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_5.4BD6B_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_5.4BD6B_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_6.2BD6A_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_6.2BD6A_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_6.2BD6A_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_6.2BD6A_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_6.2BD6A_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_6.2BD6A_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_7.2ND6A_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_7.2ND6A_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_7.2ND6A_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_7.2ND6A_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_7.2ND6A_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_7.2ND6A_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_8.1ND1s_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_8.1ND1s_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_8.1ND1s_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_8.1ND1s_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_8.1ND1s_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_8.1ND1s_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \
HI.3923.001.Index_9.2ND1s_R1.fastq.gz HI.3923.001.Index_9.2ND1s_R2.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_9.2ND1s_R1-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_9.2ND1s_R1-reverse.fastq.gz /home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_9.2ND1s_R2-forward.fastq.gz /home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_9.2ND1s_R2-reverse.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36


    то есть он просто выводит список такой большой того что надо бы запустить )
    Странно, ведь перед каждой парой файлов стоит java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33

    не подскажете в чем дело?
    Написано

  • Как запустить в процесс два файла одновременно?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Saboteur, вот и сами файлы. Просто мне хотелось не усложнять но видимо так легче )

    HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R1.fastq.gz
HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R2.fastq.gz

HI.3923.001.Index_3.3BD6A_R1.fastq.gz
HI.3923.001.Index_3.3BD6A_R2.fastq.gz

HI.3923.001.Index_4.2BD1_R1.fastq.gz
HI.3923.001.Index_4.2BD1_R2.fastq.gz

HI.3923.001.Index_5.4BD6B_R1.fastq.gz
HI.3923.001.Index_5.4BD6B_R2.fastq.gz

HI.3923.001.Index_6.2BD6A_R1.fastq.gz
HI.3923.001.Index_6.2BD6A_R2.fastq.gz

HI.3923.001.Index_7.2ND6A_R1.fastq.gz
HI.3923.001.Index_7.2ND6A_R2.fastq.gz

HI.3923.001.Index_8.1ND1s_R1.fastq.gz
HI.3923.001.Index_8.1ND1s_R2.fastq.gz

HI.3923.001.Index_9.2ND1s_R1.fastq.gz
HI.3923.001.Index_9.2ND1s_R2.fastq.gz

HI.3923.001.Index_10.1ND6Bs_R1.fastq.gz
HI.3923.001.Index_10.1ND6Bs_R2.fastq.gz

HI.3923.001.Index_11.2ND6Bs_R1.fastq.gz
HI.3923.001.Index_11.2ND6Bs_R2.fastq.gz

HI.3923.001.Index_12.1ND6As_R1.fastq.gz
HI.3923.001.Index_12.1ND6As_R2.fastq.gz


    Соответственно "на сегодняшний день" сам скрипт представляет из себя следующее:

    java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \ 
HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R1.fastq.gz \
HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R2.fastq.gz \
/home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R1-forward.fastq.gz \
/home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R1-reverse.fastq.gz \
/home/blabla/Output_files/FOR/HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R2-forward.fastq.gz \
/home/blabla/Output_files/REV/HI.3923.001.Index_2.1BD6B_R2-reverse.fastq.gz \
ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36


    и этот код просто повторяется 12 раз по числу пар, каждый раз разные пары..
    Написано

  • Как запустить в процесс два файла одновременно?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Спасибо за ответ!

    Нет, файлы обязательно пронумерованы (на предыдущем этапе) примерно так вот: 
    file_1_A
file_1_B
file_2_A
file_2_B


    и т.д.

    Анализ, соответственно, можно провести только с парой файлов file_1_A и file_1_B

    Собственно, можно по очереди вставлять в скрипт следующее
    java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \ 
file_1_A.fastq \ # если запускать скрипт прямо из папки где лежат эти файлы 
file_1_B.fastq \
output-file_1_A-FOR.fastq \
output-file_1_A-REV.fastq \
output-file_1_B-FOR.fastq \
output-file_1_B-REV.fastq \
ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36

java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -phred33 \ 
file_2_A.fastq \  
file_2_B.fastq \
output-file_2_A-FOR.fastq \
output-file_2_A-REV.fastq \
output-file_2_B-FOR.fastq \
output-file_2_B-REV.fastq \
ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 LEADING:5 TRAILING:5 SLIDINGWINDOW:4:5 MINLEN:36


    ..и так далее...
    в принципе, не смертельно. Это все можно делать и вручную (обычно этих "входящих" файлов не так уж много) - но может есть идеи как это можно "зациклить"?
    Написано

  • Как написать скрипт который делает таблицу из 2х переменных?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Большое спасибо.

    Так получается что иногда в строке 
    names=`awk '{print $9}' PMZ_genes.gff3.txt | grep -oP ";\KName=[^;]+" | uniq`
    имени нет, т.е. попросту отсутствует Name=

    Есть ли возможность сделать так чтобы в этих случаях было просто пустое место? А то действительно поначалу все правильно а потом попадаются PMZ у которых нет имени а им все равно соответствует имя из правой колонки (ну разумеется, потому что это просто набор из всех имен что есть, без какого либо соответствия)

    В результате к концу большое количество PMZ не имеет имен, хотя в исходном файле они конечно же есть...
    Написано

  • Как написать bash скрипт который выполняет все файлы что в папке?

    wolverine777
    @wolverine777 Автор вопроса
    Спасибо!

    Не могли бы пожалуйста прокомментировать последнюю часть?

    -exec fastqc {} -o /home/outfiles \;

    -exec fastqc {} - что означают {}?
    -o /home/outfiles \ - а зачем тут нужен backslash?

    Огромное спасибо!
    Написано