Простите, а зачем при таком подходе вам вообще require.js? Можно же использовать всякие head.js и прочее, раз уж у вас настолько связанные модули. Да и плагины для jquery это не модули вовсе. Можно их сгруппировать вместе с jquery, раз уж они только в этом контексте используются. Так делают с плагинами от twitter bootstrap к примеру.