Все папки расположены на одном уровне? Список папок, в которые нужно переносить другие заранее известен, или их признаком является имя только из цифр? А если они уже не пусты?
(Задача не выглядит сложной для решения её пакетными файлами.)
Не очень понятно, где находятся ссылки: в самом фрейме или вне его, и где находятся якоря (anchors). Возможно, вам следует обратить внимание на атрибут target ссылок (и name кадра (фрейма)).
В твоём ответе не было никакой надобности. На ошибку в коде, привёдшую к недоразумению, указано в комментариях к вопросу.
Лучше, если хочешь, перепиши мой комментарий как свой ответ (мне стрёмно, такую мелочь делать ответом).
Максим, особо не на что, сказано для полноты изложения. Кроме того я ошибся, путь к cmd.exe в этом месте берётся не из %ComSpec% и изменён быть не может, даже если запустить копию cmd.exe из другого расположения. Поправил ответ. (Путь из %ComSpec% берётся при создании вспомогательного процесса для выполнения внутренней команды при перенаправлении ввода-вывода между процессами.)
(Задача не выглядит сложной для решения её пакетными файлами.)