я извиняюсь а что именно не так??
После
var hidden = mystery(3);в hidden находится метод mystery2 + в области где метод описан, находится в памяти secret = 4 и input = 5;
После
var jumble = mystery3(hidden); в jumble находится метод mystery4 а также переменная param
Работа последнего метода
var result = jumble(2);
Методу mystery4 передается параметр 2. Далее в методе извлекаем параметр param - который висит в памяти. Param - является некой ссылкой на метод. mystery2, колорому передано 6.
То есть, если явно пересмотреть работу последнего метода var result = jumble(2); , то будет следующее:
mystery4(2)
mystery2(6)
6 * 5
30 * 4
120 + 2
= 122

Я так понимаю вам нужна какаято начальная страница приветствия со скритим списком меню, а также при переходе на пункт меню "вступление" - сворачивать меню а отображать страницу приветствия? Если да, тов вашем случае нужно:
1. в пункт меню установить класс начальной загрузки "homebutton-start"

..
<div class="menu-wrapper">
	<ul class="menu">
		<li><a class="homebutton-start" href="#">Вступление</a></li>
		...
	</ul> <!-- /.menu -->
	<a href="#" class="toggle-menu"><i class="fa fa-bars"></i></a>
</div>
....

2. добавить страницу "menu-start"

...
<div id="menu-container">
...
	<div id="menu-start" class="services content">
		<div class="row">			
		 ...
		</div> <!-- /.row -->
	</div> <!-- /.services -->
...
</div>
...

3. изменить main.js

$(".menu a.homebutton-start").click(function(){
	$(".menu").slideUp();
});

добавить в main.js

...
$(function () {
...
	$(".menu .homebutton-start").trigger('click');
...
});