Ну CMS из названия подразумевает управление контентом, а если я вас правильно понял вы хотите сделать так, чтобы можно было изменять логотип, иконки, и прочую мелочи полями из админки. По моему это будет крайне не удобно. ACF думаю в этом плане поможет. У друпала с этим тоже было хорошо, по крайней мере у 7 версии сейчас не знаю
С телефона, буду дома посмотрю. Но уже могу сказать, что дело не во флексах, а высоте блока. И судя по вашему вчерашнему вопросу, да похвально, что вы хотите понять почему скролл плохо работает с флексами, но тут они не нужны просто задать отступы и будет, как нужно. Для более детального объяснения вам лучше обратиться непосредственно в поддержку blink
