При диск и SSD ничего не могу ничего сказать. Если с диском ничего не нароете, то я бы проверил память и memtest86+ (загрузочный диск. т.е.) и memteres'ом из Ubuntu.
Последним - под нагрузкой, на CPU и на диск. Под цикличной нагрузкой на диск.
Бывают просадки напряжения на памяти, бывает (часто) что матплата без ведома владельца разгоняет что-либо, бывают проблемы с PSU - для этого хорош memtester.
Бывает чисто битая память - для этого хорош memtest86+ (тем более memtester не может потестить всю память, в т.ч. в которой ядро linux)