window.onbeforeunload = function () {
	return "Точно хочешь закрыть страницу?";
}

Но:
1) Такие сайты бесят
2) В разных браузерах сообщение будет выглядеть по разному, так же браузеры добавляют свой дополнительный текст, о том, что сообщение выведено сайтом, а не браузером.

В общем решение оказалось довольно банальным и простым.
В Vagrantfile указываем тип nfs.
Так же указываем id пользователя и группы, от лица которых будут происходить манипуляции в примонтированной папке.

config.vm.synced_folder "/host/projects/mount-from-folder", "/guest/mount-to-folder", type: "nfs"

# Все действия с файлами в примонтированной папке будут производиться от лица текущего пользователя хост-машины
  config.nfs.map_uid = Process.uid 
  config.nfs.map_gid = Process.gid

 # Можно так же указать цифрами id любого юзера/группы
 # Узнать их можно посмотрев файлы /etc/passwd и /etc/group
  config.nfs.map_uid = 501
  config.nfs.map_gid = 20

Далее обязательно перезагружаем виртуальную машину с ключом --provision. Без него ничего не получалось.
vagrant reload --provision

В моём случае, проблема решилась.
Так же забыл упомянуть, что использовался плагин vagrant-vbguest.