Виктор Петров

Вам вообще эти ссылки на скачивание в индексе нужны? Думается - нет. Если так, то закрывайте их от сканирования в robots.txt вообще. Или в robots-x-tag.
Во всех иных случаях используйте Clean-param, как и сказано выше, чтобы консолидировать (склеить) полезные сигналы и избежать дублирования.
Это про Яндекс, Гугл в обычной ситуации параметры и сам склеивать умеет (вернее, должен уметь - последний год у него с техничкой такого рода как-то мутно и криво).

Ситуация рядовая, проблем не представляет.
Другое дело, что сеошникам по рукам бы надавать, чтоб редиректами лишними не увлекались. То, что надо переклеить - надо переклеить. Внутренние ссылки поправить. Единственный расклад - это внешние ссылки на перемещённые страницы, но и тут стоит проверить - а ссылки эти живы ли ещё, в индексе ли? И есть ли они вообще?

Переименованные htaccess попросту игнорируются. А в каждом каталоге/папке может быть свой htaccess, со своим набором директив, если они там нужны.
В общем, ничего страшного.