Виктор Петров

Ситуация рядовая, проблем не представляет.
Другое дело, что сеошникам по рукам бы надавать, чтоб редиректами лишними не увлекались. То, что надо переклеить - надо переклеить. Внутренние ссылки поправить. Единственный расклад - это внешние ссылки на перемещённые страницы, но и тут стоит проверить - а ссылки эти живы ли ещё, в индексе ли? И есть ли они вообще?

Переименованные htaccess попросту игнорируются. А в каждом каталоге/папке может быть свой htaccess, со своим набором директив, если они там нужны.
В общем, ничего страшного.