Сначала вам необходимо подготовить максимально полную классификацию, кто есть кто в вашей компании. Например, абстракный джун обладает такими-то скилами, реашет такие-то задачи и т.п. Мидл, умеет и знает всё тоже самое, что и джун + что-то ещё по каждому из пунктов + возможно дополнительные пункты. Начиная со старших разработчиков уже должно быть прописано, как сотрудник влияет на бизнес и т.п.
После того, как у вас есть классификация, определитесь с системой перехода между уровнями. Это может быть что угодно, начиная с интервью один на один, заканчивая тестами. Лучше, чтобы решения принимал не один человек, а два-три.
Далее, необходимо чётко прописать зарплатную вилку для каждой должности, с учётом всех бонусов и прочих плюшек. Эти данные могут не быть публичными, но лучше чтобы все знали, на что они могут рассчитывать.
Вот пожалуй и весь нехитрый набор рекомендаций. Важно, на мой взгляд подходить к реалзиации каждого этапа итеративно и командно. Выносить на всеобщее обсуждение, дорабатывать и т.п.