После долгих танцев с бубном проблема была решена. Опишу, возможно кому-нибудь пригодится.
Fancybox v. 5 отлично работает, в том числе в связке с Vue.js. На сайте использовалась верстка, css - от существующего проекта, на котором так же использовалась Fancybox, предыдущей, 4 версии библиотеки. После удаления из css - файла фрагментов ранее используемого css Fancybox - проблема решена.