Важно понимать что всё работает последовательно. Просто разделяй начало и конец кода <% и %>
<td class="outputTD">
<%
String str = new ClassHandler().doPost(request, "Person", new PatternClass());
if (str.contains("null")) %>
<script src="js/myscript.js"></script> // вызываем js-файл
<% } else { %>
<script> // или вставляем код в HTML напрямую
....
</script>
<% } %>
</td>
Как вариант можно выводить в генератор HTML путём вызова out.println
Пример:
<td class="outputTD">
<%
String str = new ClassHandler().doPost(request, "Person", new PatternClass());
if (str.contains("null")) {
out.println("<script src=\"js/myscript.js\"></script>"); // вызываем js-файл, не забываем экранировать спец-символы
} else {
out.println("<script>"); // или вставляем код в HTML напрямую
out.println("...."); // разделяя его отдельными простыми строками
out.println("</script>"); // такой способ вставит это также как System.out.println выводит в консоль
} %>
</td>
