Вам тогда надо три сервера — под DC и файловый отдельно. Уж коли собираетесь виртуализировать, то что мешает разнести роли?
1. под один сервер что Hyper-V, что ESX в принципе разница несущественна
2. может лучше NFS storage какой нить внешний? Если будете брать второй сервер — будет уже готовый shared storage.
