1. Делаете дампы файлов и бд, разворачиваете их у себя локально
2. В кастомных сущностях (папки/файлы шаблона, компонентов) вычищаете все подозрительное, зараженное
3. В бд вычищаете все подозрительное
4. Локально разворачиваете чистый битрикс
5. Переносите свои кастомные сущности в чистую установку
6. Подключаете очищенную бд к сайту
7. Смотрите работу сайта
Если все ок, то переносите чистые файлы и базу на основной сервер.
Далее меняете доступы к админке, базе, хостингу (серверу).
Если не ок, то возвращаемся к п2