У кнопки "Добавить в корзину" есть data-quantity="", нужно его менять при смене значения в Input-е.
Что-то типа такого:
$(".woocommerce").on("change input", ".quantity .qty", function() {
var add_to_cart_button = $(this).parents( ".catalog-item" ).find(".add_to_cart_button");
add_to_cart_button.data("quantity", $(this).val());
add_to_cart_button.attr("href", "?add-to-cart=" + add_to_cart_button.attr("data-product_id") + "&quantity=" + $(this).val());
add_to_cart_button.attr("data-quantity", $(this).val());
});