vlad_101

Бинго! Ответ оказался в документации:
при подлючении js в файле AppAsset.php, js-файлы подключаются внизу страницы.
Чтобы подлючить в хедере нужно в AppAsset.php добавить:
public $jsOptions = ['position' => \yii\web\View::POS_HEAD];

пример:
namespace app\assets;
use yii\web\AssetBundle;

class AppAsset extends AssetBundle
{
public $basePath = '@webroot';
public $baseUrl = '@web';
public $css = [
'css/site.css',
];
public $js = [
'//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1/jquery.min.js'
];
public $depends = [
'yii\web\YiiAsset',
'yii\bootstrap\BootstrapAsset',
];
public $jsOptions = ['position' => \yii\web\View::POS_HEAD];
}

Но строчку '//ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1/jquery.min.js' вообще по сути не нужно писать, т.к. в yii2 и так по умолчанию подключается jquery. Поэтому достаточно установить подключение на уровне хедера.